Bakterienflora bezeichnet eine Gemeinschaft von Bakterien auf oder im Körper, wie beispielsweise die Mundflora. Diese bezeichnet die Gesamtheit der Mikroorganismen in der Mundhöhle und besteht aus Pilzen sowie hunderten von verschiedenen Bakterienarten, welche die Mundhöhle entweder dauerhaft (resident) oder vorrübergehend (transient) besiedeln. Verschiebt sich das Verhältnis der harmlosen zu den nicht harmlosen Bakterien, kann dies die Mundgesundheit gefährden.